摘要:目的應用生物信息學方法對結核分枝桿菌Rv1818c基因編碼蛋白PE_PGRS33的結構和功能進行預測分析。 方法自GenBank數據庫中提取Rv1818c基因相關基因信息;運用ProtParam及ProtScale預測其編碼的PE_PGRS33蛋白理化性質和親疏水性;分別運用NetPhos、TMHMM分析PE_PGRS33的磷酸化位點、跨膜螺旋;利用SOPMA、SWISS、MODEL分析PE_PGRS33蛋白的二級結構并建立三級結構模型;利用Bepired、ABCpred及SYFPEITHI預測PE_PGRS33蛋白的B細胞與T細胞表位。 結果Rv1818c基因編碼的PE_PGRS33蛋白含有498個氨基酸殘基,疏水系數0.425,為疏水性蛋白。PE_PGRS33含有7個磷酸化位點,不存在跨膜區域,二級結構以無規卷曲為主(占50.20%),結構較松散。利用SWISS-MODEL建構建出PE_PGRS33蛋白的三級結構。PE_PGRS33蛋白含有27個B細胞抗原表位,數個T細胞優勢表位。 結論PE_PGRS33蛋白是結核分枝桿菌的重要表面暴露蛋白,與結核分枝桿菌的潛伏感染密切相關。生物信息學預測該蛋白含有多個抗原表位,可作為結核治療的潛在分子靶標。
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