摘要：為了快速區分長江流域各水體中的鱭屬魚類,利用單核苷酸多態性(Single nucleotide polymorphism,SNP)標記對短頜鱭(Coilia brachygnathus)、湖鱭(C. nasus taihuensis)和刀鱭(C. nasus)進行物種鑒定。從120個在短頜鱭和刀鱭之間分化指數(Fst)為1的SNP位點中隨機挑選出20個用于引物設計,從21個在湖鱭和刀鱭之間分化指數較高的SNP位點中隨機挑選出10個設計引物。隨機挑20尾短頜鱭、20尾湖鱭和12尾刀鱭用設計的引物擴增、測序。結果表明:洞庭湖和鄱陽湖的短頜鱭與刀鱭可以使用以上19個SNP分子標記中的任何一個完全分開,剩下1個SNP標記在所擴增的樣本中沒有發現多樣性變異而被棄用。用于區分湖鱭與刀鱭的10個SNP分子標記中有8個在所測樣本中可以擴增并用于物種鑒定。其中單獨使用Ct-Cn_wtap位點時,湖鱭和刀鱭的基因頻率相差最大,當使用Ct-Cn_wtap和Ct-Cn_eif2b4位點時,對湖鱭和刀鱭的鑒別準確率可以達到100%。本研究提供了穩定、高效和低成本識別短頜鱭和刀鱭、湖鱭和刀鱭的方法,為今后鱭屬魚類的物種鑒定和資源保護提供了有效的工具。